Situato sulle prime colline dell'anfiteatro morenico del Verbano che si elevano sulla brughiera altomilanese, Arsago Seprio, si è sviluppato attorno al nucleo storico altomedievale.
Circondato da un territorio interessato da antichi insediamenti umani, con abitati palafitticoli, si affaccia alla storia con numerosi ritrovamenti archeologici, conservati nel Civico Museo , sicura testimonianza di un piccolo ma attivo centro in età romana, già interessato da una ragguardevole presenza gallica.

In età paleocristiana (V sec.), il paese acquista importanza per la destinazione della primitiva Basilica di San Vittore a chiesa plebana o battesimale.
In età barbarica è occupato da un nucleo di longobardi (ne è tuttora visibile la Necropoli) ed in età carolingia la presenza della famiglia teutonica degli Arnolfi apporterà prestigio e potenza.

Nel dodicesimo secolo il paese raggiunge il massimo splendore come testimoniano edifici civili (una torre, avanzo di un antico complesso difensivo) e religiosi (il complesso monumentale romanico della Basilica di San Vittore, torre campanaria (nella foto) e Battistero di San Giovanni); l' oratorio campestre dei S.S. Cosma e Damiano) e l' Abbazia di Santa Maria in Monticello) con rifacimenti neoclassici, ma con originari affreschi e strutture murarie).

Successivamente la politica espansionistica dei Visconti di Somma relega Arsago ad un ruolo secondario e il paese pur non avendo mai giurato fedeltà ai Visconti ne è indirettamente sottomesso.
Risale a questo periodo la chiesa di San Rocco (sec. XVI)).

Nel seicento molti arsaghesi vengono colpiti dalla peste il cui triste ricordo rimane nella cappella del Lazzaretto.

Solo nel diciottesimo secolo si avverte un rinnovamento urbanistico e sociale, tuttavia la quasi totalità degli abitanti rimane dedita alle attività agricole.

Nella seconda metà dell'ottocento, dopo l'unità d'Italia ad Arsago vengono aggregati come frazioni i paesi confinanti di Besnate, Casorate Sempione e Mezzana Superiore. Il comune cambia denominazione in "Arsago ed Uniti".